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Dans nos régions, les différents types de gîtes sont principalement les greniers chauds et peu dérangés comme les combles des églises et des châteaux, les granges inutilisées, ou les grandes caves chaudes et les parties épigées des ouvrages militaires comme les salles des superstructures et les tourelles de tir recouvertes de blindage en acier. Ces gîtes possèdent les températures recherchées par les femelles pour l'élevage des jeunes.
Les colonies de mise-bas peuvent atteindre plusieurs centaines d'individus formant des essaims lâches. Les mâles sont en général exclus des colonies de mise-bas : ils estivent isolément dans des gîtes plus frais. Le Grand rhinolophe chasse dans les endroits boisés, le long des falaises, ou dans les jardins.
Le vol est lent, papillonnant, avec de brèves glissades, à faible hauteur (de trente cm à trois m au-dessus du sol). Il se nourrit de grosses proies telles que les papillons nocturnes et les coléoptères. Dans ses colonies d'hiver et d'été, le Grand rhinolophe est très souvent associé au Vespertilion à oreilles échancrées. Cette espèce est sédentaire ; les déplacements entre les gîtes d'hiver et d'été dépassent rarement les trente km. Il atteint sa limite géographique nord de répartition dans la région concernée par le programme : approximativement dans le sillon Sambre-et-Meuse en Wallonie et au Grand-Duché du Luxembourg. Extrêmement sensible aux dérangements en hiver comme en été, le Grand rhinolophe est très menacé dans la région couverte par le programme : il a disparu des Pays-Bas, il est devenu très rare en Wallonie, une seule colonie de reproduction est connue au Grand-Duché de Luxembourg et il est au bord de la disparition en Rhénanie-Palatinat et en Sarre. En Lorraine et en Champagne-Ardenne la population est estimée a un peu plus de 2500 individus.